გადმოცემით, ჰერაკლიონის დაფუძნება ალექსანდრე მაკედონელის სახელს უკავშირდება. ამ მდიდარმა ქალაქმა გავლენა ალექსანდრიის აგების შემდეგ დაკარგა.
ბერძნები ეგვიპტის ამ მნიშვნელოვან პორტს იცნობდნენ ჰერაკლიონის სახელწოდებით.
ეგვიპტელებისთვის კი მისი სახელი ტონისი გახლდათ. კლეოპატრა სწორედ ჰერაკლიონში აკურთხეს დედოფლად. ქალაქის მომგებიანი მდებარეობა მრავალი ქვეყნის ვაჭარს იზიდავდა. ამის ხარჯზე ქალაქი მდიდრდებოდა და ყვაოდა.
სტრაბონმა აღწერა ჰერაკლიონის მკვიდრთა მხიარული ცხოვრება. ჰეროდოტეს მოხსენიებული აქვს ქალაქის ცენტრში აღმართული ტაძარი, რომელმაც ის ჩვ.წ,აღ-მდე 450 წელს მოინახულა. ტაძარი აგებული იყო იმ ადგილზე, სადაც გადმოცემით ჰერაკლემ პირველად დადგა ფეხი ეგვიპტის მიწაზე. ჰერაკლიონში იდგა ასევე სერაპისის, იზიდას, და ანუბისის ტაძარი.
